B

金属元素$M$的相对原子质量为$40$，它在化合物中只有一种化合价，已知它与碳酸根离子形成的物质的相对分子质量为$100$，碳酸根的相对分子质量为$12+16\times 3=60$，则$M$与碳酸根离子形成的物质的化学式为$MCO_{3}$，碳酸根显$-2$价，则$M$元素的化合价为$+2$价，硫酸根显$-2$价，则与硫酸根离子形成的物质的化学式为$MSO_{4}$，相对分子质量为$40+32+16\times 4=136$。
故选：$B$。