B

$A$、分子是保持物质化学性质的最小粒子，它不能保持物质的物理性质。故$A$错误；
$B$、原子是化学变化中的最小粒子，在化学变化中不能再分。故$B$正确；
$C$、分子的质量比构成它的原子的质量大，而不同种分子和原子无法比较大小，故$C$错误；
$D$、在化学变化中分子可分原子不可分，不在这个条件下，原子也能再分，故$D$说法错误。
故选：$B$。