D

$A$、在化学变化中分子可分，原子不可再分，错误；
$B$、分子的体积不一定比原子的体积大，错误；
$C$、分子的质量不一定比原子的质量大，错误；
$D$、在化学反应中，分子可以在分，而原子不能再分，是分子和原子的主要的区别，正确；
故选：$D$。