B

$A$、比较空气和人体呼出气体中二氧化碳的含量，变量是两瓶气体中二氧化碳的含量，分别向两集气瓶中加入相同滴数的澄清石灰水，观察对比变浑浊的程度，空气几乎不能使澄清石灰水变浑浊，呼出气体能使澄清石灰水变浑浊，对比得出呼出气体中二氧化碳含量多，正确体现对比这种科学思想，故选项错误。
$B$、该实验研究实验中水的作用，水不是变量，没有正确体现对比这种科学思想，故选项正确。
$C$、研究二氧化锰的催化作用，变量是二氧化锰，分别取等量的过氧化氢溶液于两支试管中，一支试管内有二氧化锰，一支没有，当分别用带火星的木条伸入试管内，加入二氧化锰的试管中木条复燃，没加二氧化锰的试管中木条不复燃，对比现象得出二氧化锰加快了过氧化氢的反应速率，正确体现对比这种科学思想，故选项错误。
$D$、比较温度对分子运动快慢的影响，变量是温度，能比较温度对分子运动速率的影响，正确体现对比这种科学思想，故选项错误。
故选：$B$。