D

$A$.地壳中元素含量由高到低依次是：氧、硅、铝、铁、其他，故$A$不符合题意；
$B$.物质分为纯净物和混合物，纯净物由同种物质组成，混合物由不同种物质组成，纯净物分为单质和化合物，单质是由同种元素组成的纯净物，化合物是由不同种元素组成的纯净物，故$B$不符合题意；
$C$.化学基本反应类型有化合反应、分解反应、置换反应、复分解反应，但是化合反应与分解反应应是并列关系，并没有交集，故$C$不符合题意；
$D$.物质是由元素组成的，分子、原子均可直接构成物质，原子也可构成分子，故$D$符合题意；
故选：$D$。