（1）饼干放在空气中一段时间会变软，说明空气中含有水蒸气；
$(2)$二氧化碳会使澄清石灰水变浑浊；内壁蘸有澄清石灰水的烧杯变浑浊，则蜡烛燃烧生成了二氧化碳；
$(3)$氮气的化学性质稳定，不与食品反应，无毒，所以将氮气充入食品包装袋中，可延长食品的保质期；
故答案为：（1）水蒸气。
$(2)$澄清石灰水变浑浊；二氧化碳；
$(3)$氮气的化学性质稳定。

（1）饼干放在空气中一段时间会变软，说明空气中含有水蒸气；
$(2)$二氧化碳会使澄清石灰水变浑浊；内壁蘸有澄清石灰水的烧杯变浑浊，则蜡烛燃烧生成了二氧化碳；
$(3)$氮气的化学性质稳定，不与食品反应，无毒，所以将氮气充入食品包装袋中，可延长食品的保质期；
故答案为：（1）水蒸气。
$(2)$澄清石灰水变浑浊；二氧化碳；
$(3)$氮气的化学性质稳定。