B

$A$、水是由非金属元素组成的化合物，是由水分子构成的，故选项错误。
$B$、汞属于金属单质，是由汞原子直接构成的，故选项正确。
$C$、氢气属于气态非金属单质，是由氢分子构成的，故选项错误。
$D$、氯化钠是含有金属元素和非金属元素的化合物，是由钠离子和氯离子构成的，故选项错误。
故选：$B$。