D

$A$、铁属于金属单质，是由铁原子直接构成的，不符合题意，故选项错误。
$B$、二氧化碳是由非金属元素组成的化合物，是由二氧化碳分子构成的，不符合题意，故选项正确。
$C$、金刚石属于固态非金属单质，是由碳原子直接构成的，不符合题意，故选项错误。
$D$、氯化钠是含有金属元素和非金属元素的化合物，氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，符合题意，故选项正确。
故选：$D$。