B

由反应的微观过程可知，该反应的化学方程式是：$2CH_{4}+O_{2}\frac{\underline{\;\;\;\;\;细菌\;\;\;\;\;}}{一定条件}2CH_{3}OH$。
$A$、由化学方程式可知，反应前后共有$3$种分子，故$A$说法错误；
$B$、由化学方程式可知，该反应为两种物质反应生成一种物质，符合“多变一”的特点，属于化合反应，故$B$说法正确；
$C$、根据质量守恒定律，反应前后原子数目不变，由化学方程式可知，反应前后分子数目改变，故$C$说法错误；
$D$、该反应的生成物为$CH_{3}OH$，是一种化合物，故$D$说法错误；
故选：$B$。