C

$A$、该物质由一种分子构成，属于纯净物，故$A$错。
$B$、该物质由一种分子构成，属于纯净物，故$B$错。
$C$、该物质由两种分子和一种原子构成，属于混合物，故$C$正确。
$D$、该物质由一种分子构成，属于纯净物，故$D$错。
故选：$C$。