C

当$x=0$时，$y=-x^{2}+4x-4=-4$，则抛物线与$y$轴的交点坐标为$\left(0,-4\right)$，
当$y=0$时，$-x^{2}+4x-4=0$，解得$x_{1}=x_{2}=2$，抛物线与$x$轴的交点坐标为$\left(2,0\right)$，
所以抛物线与坐标轴有$2$个交点.
故选：$C$.