A

$A$、砂轮机研磨物体时，克服摩擦做功，是通过做功方式来改变物体的内能；
$B$、被冰镇的啤酒，是通过热传递方式来改变物体的内能；
$C$、抱暖水袋取暖，是通过热传递方式来改变物体的内能；
$D$、天然气烧水，是通过热传递方式来改变物体的内能；
由此可知，改变物体内能的方式跟其他几个不同的是$A$。
故选：$A$。