C

$A$.单质是由同种元素组成的纯净物；冰水是由氢和氧两种元素组成的化合物，不是单质；硫粉是由硫元素组成的单质，液态氢是由氢元素组成的单质，故$A$选项归类错误；
$B$.清洁能源是指不排放污染物、能够直接用于生产生活的能源；煤炭和石油在燃烧过程中会产生大量的污染物，不属于清洁能源；太阳能是清洁能源，故$B$选项归类错误；
$C$.原子呈电中性，中子不带电，分子整体也呈电中性，所以原子、中子、分子都属于中性微粒，故$C$选项归类正确；
$D$.大气污染物是指由于人类活动或自然过程排入大气的并对人或环境产生有害影响的那些物质，粉尘属于大气污染物；氦气是一种稀有气体，不属于大气污染物；二氧化碳虽然是温室气体，但目前不被列为大气污染物，故$D$选项归类错误；
故选：$C$。