D

$A$、水是由水分子构成的，水分子是由氢原子和氧原子构成的，故选项说法错误。
$B$、汞属于金属单质，是由汞原子构成的，故选项说法错误。
$C$、氯化钠是含有金属元素和非金属元素的化合物，氯化钠是由钠离子和氯离子构成的，故选项说法错误。
$D$、物质是由元素组成的，二氧化碳是由碳、氧两种元素组成的，故选项说法正确。
故选：$D$。