如图，作$LM\bot FE$交$FE$的延长线于点$M$，交$JI$的延长线于点$N$，
$\because$四边形$A$、$B$、$C$都是正方形，且正方形$A$、$C$的面积分别为$16$、$9$，
$\therefore \angle EKI=\angle EDR=\angle IHG=90^{\circ}$，$DE^{2}=16$，$HI^{2}=9$，
$\therefore DE=4$，$HI=3$，
$\because \angle EDK=\angle KHI=180^{\circ}-90^{\circ}=90^{\circ}$，
$\therefore \angle DKE=90^{\circ}-\angle KHI=\angle HIK$，
在$\triangle EDK$和$\triangle KHI$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠EDK=∠KHI}\\{∠DKE=∠HIK}\\{EK=KI}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle EDK$≌$\triangle KHI\left(AAS\right)$，
$\therefore DK=HI=3$，$DE=HK=4$，
$\therefore S_{\triangle EDK}=S_{\triangle KHI}=\frac{1}{2}\times 4\times 3=6$；
$\because \angle DEF=\angle HIJ=90^{\circ}$，
$\therefore \angle DEM=180^{\circ}-\angle DEF=90^{\circ}$，$\angle HIN=180^{\circ}-\angle HIJ=90^{\circ}$，
$\because \angle KEL=\angle KIL=90^{\circ}$，
$\therefore \angle MEL=\angle DEK=90^{\circ}-\angle KEM$，$\angle NIL=\angle HIK=90^{\circ}-\angle KIN$，
$\because EF$∥$l,IJ$∥$l$，
$\therefore EF$∥$IJ$，
$\therefore \angle EML=\angle EMN=\angle N=90^{\circ}$，
在$\triangle EML$和$\triangle EDK$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠MIL=∠DEK}\\{∠EML=∠EDK}\\{EL=EK}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle EML$≌$\triangle EDK\left(AAS\right)$，
$\therefore EM=ED=EF$，
$\therefore S_{\triangle EFL}=S_{\triangle EML}=S_{\triangle EDK}=6$；
在$\triangle LNI$和$\triangle KHI$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠NIL=∠HIK}\\{∠N=∠KHI}\\{IL=IK}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle LNI$≌$\triangle KHI\left(AAS\right)$，
$\because IN=IE=IJ$，
$\therefore S_{\triangle LJI}=S_{\triangle LNI}=S_{\triangle KHI}=6$，
$\therefore S_{\triangle EFL}+S_{\triangle LJI}=6+6=12$，
$\therefore$阴影部分的总面积为$12$.

如图，作$LM\bot FE$交$FE$的延长线于点$M$，交$JI$的延长线于点$N$，
$\because$四边形$A$、$B$、$C$都是正方形，且正方形$A$、$C$的面积分别为$16$、$9$，
$\therefore \angle EKI=\angle EDR=\angle IHG=90^{\circ}$，$DE^{2}=16$，$HI^{2}=9$，
$\therefore DE=4$，$HI=3$，
$\because \angle EDK=\angle KHI=180^{\circ}-90^{\circ}=90^{\circ}$，
$\therefore \angle DKE=90^{\circ}-\angle KHI=\angle HIK$，
在$\triangle EDK$和$\triangle KHI$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠EDK=∠KHI}\\{∠DKE=∠HIK}\\{EK=KI}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle EDK$≌$\triangle KHI\left(AAS\right)$，
$\therefore DK=HI=3$，$DE=HK=4$，
$\therefore S_{\triangle EDK}=S_{\triangle KHI}=\frac{1}{2}\times 4\times 3=6$；
$\because \angle DEF=\angle HIJ=90^{\circ}$，
$\therefore \angle DEM=180^{\circ}-\angle DEF=90^{\circ}$，$\angle HIN=180^{\circ}-\angle HIJ=90^{\circ}$，
$\because \angle KEL=\angle KIL=90^{\circ}$，
$\therefore \angle MEL=\angle DEK=90^{\circ}-\angle KEM$，$\angle NIL=\angle HIK=90^{\circ}-\angle KIN$，
$\because EF$∥$l,IJ$∥$l$，
$\therefore EF$∥$IJ$，
$\therefore \angle EML=\angle EMN=\angle N=90^{\circ}$，
在$\triangle EML$和$\triangle EDK$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠MIL=∠DEK}\\{∠EML=∠EDK}\\{EL=EK}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle EML$≌$\triangle EDK\left(AAS\right)$，
$\therefore EM=ED=EF$，
$\therefore S_{\triangle EFL}=S_{\triangle EML}=S_{\triangle EDK}=6$；
在$\triangle LNI$和$\triangle KHI$中，
$\left\{\begin{array}{l}{∠NIL=∠HIK}\\{∠N=∠KHI}\\{IL=IK}\end{array}\right.$，
$\therefore \triangle LNI$≌$\triangle KHI\left(AAS\right)$，
$\because IN=IE=IJ$，
$\therefore S_{\triangle LJI}=S_{\triangle LNI}=S_{\triangle KHI}=6$，
$\therefore S_{\triangle EFL}+S_{\triangle LJI}=6+6=12$，
$\therefore$阴影部分的总面积为$12$.