D

$A$、$1+2=3$，不能构成三角形，故选项$A$不符合题意；
$B$、$4^{2}+5^{2}\neq 6^{2}$，不能组成直角三角形，故选项$B$不符合题意；
$C$、$7^{2}+8^{2}\neq 9^{2}$，不能组成直角三角形，故选项$C$不符合题意；
$D$、$5^{2}+12^{2}=13^{2}$，能组成直角三角形，故选项$D$符合题意；
故选：$D$.