D

$A$、因为一次函数$y=-2x+4$中$k=-2 \lt 0$，因此函数值随$x$的增大而减小，故$A$选项正确；
$B$、因为一次函数$y=-2x+4$中$k=-2 \lt 0$，$b=4 \gt 0$，因此此函数的图象经过一、二、四象限，不经过第三象限，故$B$选项正确；
$C$、由“上加下减”的原则可知，函数的图象向下平移$4$个单位长度得$y=-2x$的图象，故$C$选项正确；
$D$、令$y=0$，则$x=2$，因此函数的图象与$x$轴的交点坐标是$\left(2,0\right)$，故$D$选项错误.
故选：$D$.