C

大学的出现是12世纪，被称为欧洲中世纪教育“最美好的花朵”，与题干反映的“物种的流动、加强世界联系”无关，排除A项；
文艺复兴运动是思想解放运动，与题干反映的“物种的流动、加强世界联系”无关，排除B项；
根据题干“1493年之后，曾经在数个独立大陆上相对稳定的文明体系，在一系列看似微弱但影响广泛的因素下，加速变成一个全球化的实体。疟疾、马铃薯、橡胶树等以不可思议的方式震撼了这个星球，让全球化在世界不同地域勾连着向前推进。”结合所学可知，新航路的开辟加强了各个大陆之间的联系，促进了国际贸易的发展，物种的流动，拓展了人们的眼界，促进了人类文明的传播与交融，使世界开始连成一个整体，C项正确；
英国成为“日不落帝国”是在18世纪中期，指的是英国殖民地遍布世界各大洲，与题干反映的“物种的流动、加强世界联系”无关，排除D项。
故选：C。