C

$A$、扫地时灰尘飞舞，那是灰尘的机械运动，不是分子在运动，分子运动是肉眼看不见的，故$A$错误；
$B$、海绵能够被压缩，是因为海绵的多孔结构，故$B$错误；
$C$、在探索比分子更小的微观粒子的历程中，人们首先发现了电子，故$C$正确；
$D$、宇宙是由物质组成的，宇宙中有很多的星系，星系中又有很多星体，宇宙是一个有层次的天体结构系，并且处于不断的演化过程中，宇宙没有中心，故$D$错误。
故选：$C$。