B

$A$、对微观世界的探索是由大到小不断深入的，故$A$正确；
$B$、电子的发现说明原子是由更小的微粒组成，故$B$错误；
$C$、“中国天眼”射电望远镜可以使人类对宇宙的探索越来越远，故$C$正确；
$D$、宇宙是一个有层次的天体结构系统，故$D$正确。
故选：$B$。