D

$A$、自然界中物体的运动是绝对的，静止是相对的，所以恒星也是运动的，故$A$错误；
$B$、太阳只是太阳系的中心，而不是宇宙的中心，故$B$错误；
$C$、卢瑟福建立了原子的核式结构模型，而不是汤姆生，故$C$错误；
$D$、原子由带正电的原子核和带负电的核外电子组成，故$D$正确。
故选：$D$。