D

$A$.煤、石油、天然气等燃料是化石燃料，是不可再生能源，煤、石油等可从自然界直接获取，属一级能源，故$A$正确；
$B$.光合作用绿色植物在叶绿体内吸收太阳光把二氧化碳和水合成葡萄糖，同时放出氧气，将太阳能转化为化学能，储存在糖类中，故$B$正确；
$C$.电能、蒸汽是通过物质燃烧放热转化成的，或是由风能、水能、核能等转化来的，为二级能源，故$C$正确；
$D$.化石燃料在地球上的储量有限优，且不可再生，并且污染严重，故$D$错误。
故选：$D$。