（1）生物柴油燃烧是将化学能直接转化为内能；
由题知，生物柴油的原料是地沟油这种餐余废油，实现了废物利用；并且每吨生物柴油可减排$3$吨左右二氧化碳，所以有利于减少二氧化碳排放。其优点为：实现废物利用，节能减排，保护环境。
$(2)$由题知，$1$吨地沟油原料可生产$0.85$吨生物柴油，所以$400$万吨生产的生物柴油：
$m_{1}=400\times 10^{4}t\times 20\%\times 0.85t=68\times 10^{4}t=6.8\times 10^{8}kg$，
完全燃烧释放的热量：
$Q_{放}=m_{1}q_{油}=6.8\times 10^{8}kg\times 3.8\times 10^{7}J/kg=2.584\times 10^{16}J$；
$(3)$每辆车一次性加油：$V=75L=7.5\times 10^{-2}m^{3}$，
根据$\rho =\frac{m}{V}$可得每辆车加生物柴油的质量：
$m_{2}=\rho _{油}V=0.8\times 10^{3}kg/m^{3}\times 7.5\times 10^{-2}m^{3}=60kg$，
$500$万车次所使用生物柴油的质量：
$m_{3}=500\times 10^{4}\times 60kg=3\times 10^{8}kg=3\times 10^{5}t$，
因为一吨生物柴油可减排$3$吨左右二氧化碳，
所以每年减排二氧化碳的质量：$3\times 10^{5}t\times 3=9\times 10^{5}t=9\times 10^{8}kg$。
故答案为：（1）内；实现废物利用，节能减排，保护环境；
$(2)$将这些地沟油的$20\%$制成生物柴油，完全燃烧释放的热量是$2.584\times 10^{16}J$；
$(3)$平均每辆车一次性加油$75L$计，仅此一项每年就能为上海实现减排二氧化碳$9\times 10^{8}kg$。

（1）生物柴油燃烧是将化学能直接转化为内能；
由题知，生物柴油的原料是地沟油这种餐余废油，实现了废物利用；并且每吨生物柴油可减排$3$吨左右二氧化碳，所以有利于减少二氧化碳排放。其优点为：实现废物利用，节能减排，保护环境。
$(2)$由题知，$1$吨地沟油原料可生产$0.85$吨生物柴油，所以$400$万吨生产的生物柴油：
$m_{1}=400\times 10^{4}t\times 20\%\times 0.85t=68\times 10^{4}t=6.8\times 10^{8}kg$，
完全燃烧释放的热量：
$Q_{放}=m_{1}q_{油}=6.8\times 10^{8}kg\times 3.8\times 10^{7}J/kg=2.584\times 10^{16}J$；
$(3)$每辆车一次性加油：$V=75L=7.5\times 10^{-2}m^{3}$，
根据$\rho =\frac{m}{V}$可得每辆车加生物柴油的质量：
$m_{2}=\rho _{油}V=0.8\times 10^{3}kg/m^{3}\times 7.5\times 10^{-2}m^{3}=60kg$，
$500$万车次所使用生物柴油的质量：
$m_{3}=500\times 10^{4}\times 60kg=3\times 10^{8}kg=3\times 10^{5}t$，
因为一吨生物柴油可减排$3$吨左右二氧化碳，
所以每年减排二氧化碳的质量：$3\times 10^{5}t\times 3=9\times 10^{5}t=9\times 10^{8}kg$。
故答案为：（1）内；实现废物利用，节能减排，保护环境；
$(2)$将这些地沟油的$20\%$制成生物柴油，完全燃烧释放的热量是$2.584\times 10^{16}J$；
$(3)$平均每辆车一次性加油$75L$计，仅此一项每年就能为上海实现减排二氧化碳$9\times 10^{8}kg$。