D

$A$、丙是由一种元素组成的纯净物，是单质，单质中元素化合价是$0$，故选项正确。
$B$、甲是由不同种元素组成的纯净物，是化合物，故选项正确。
$C$、该化学反应中反应前是甲分子，反应后是乙和丙分子，分子的种类发生了改变，故选项正确。
$D$、根据质量守恒定律可推知，$1$个乙分子中含有$2$个$A$原子，故选项不正确。
故选：$D$。