（1）金刚石、石墨都由碳元素组成，它们的物理性质有很大的差异的原因是碳原子的排列方式不同。
$(2)$能闻到药香，是因为分子在不断地运动。
故答案为：
$(1)$碳原子的排列方式不同；
$(2)$分子在不断地运动。

（1）金刚石、石墨都由碳元素组成，它们的物理性质有很大的差异的原因是碳原子的排列方式不同。
$(2)$能闻到药香，是因为分子在不断地运动。
故答案为：
$(1)$碳原子的排列方式不同；
$(2)$分子在不断地运动。