$\because$母线为$6$，设圆锥的底面半径为$x$，
$\therefore$圆锥的侧面积$=\pi \cdot 6x=18\pi$，
解得：$x=3$，
$\therefore$该圆锥底面圆的半径为$3$.
故答案为：$3$.

$\because$母线为$6$，设圆锥的底面半径为$x$，
$\therefore$圆锥的侧面积$=\pi \cdot 6x=18\pi$，
解得：$x=3$，
$\therefore$该圆锥底面圆的半径为$3$.
故答案为：$3$.