B

$A$、分子、原子、离子都是构成物质的基本粒子，故选项正确。
$B$、化学反应前后，原子的种类、数目和质量都不发生改变，故选项不正确。
$C$、物质发生化学反应时，往往伴随着能量的变化，故选项正确。
$D$、控制反应物的质量比可以调节一些化学反应的生成物类别，例如氧气不足时，碳燃烧生成一氧化碳，氧气充足时，碳燃烧生成二氧化碳，故选项正确。
故选：$B$。