C

A．疟原虫是单细胞生物，草履虫也是单细胞生物。A正确。
B．草履虫是个单细胞动物，一个细胞能够完成生物体的所有生命活动，如营养、呼吸、排泄、运动等。不能消化的食物残渣，从胞肛排出，B正确。
C．赤潮主要是由于水中含大量有机物，特别是含氮、磷等营养物质丰富，导致单细胞生物大量繁殖而形成，C错误。
D．单细胞生物衣藻是植物，体内有叶绿体和线粒体等结构，叶绿体能够进行光合作用制造有机物，线粒体能够进行呼吸作用为生命活动提供能量，D正确。
故选：C。