A

（1）方程是指含有未知数的等式，因此方程一定是等式，等式不一定是方程，故（1）正确；
$(2)$由$2a=3b\left(a\neq 0,b\neq 0\right)$，可以得出$a:b=3:2$，故（2）错误；
$(3)$个位是$3$、$6$、$9$的数不一定都是$3$的倍数，例如$19$、$13$、$16$都不是$3$的倍数，故（3）错误；
$(4)$气象局为了反映两个城市一周中气温的变化情况，应该采用复式折线统计图，故（4）错误；
综上分析可知：正确的有$1$个，故$A$正确.
故选：$A$.