D

细菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质和 DNA集中的区域，没有成形的细胞核，没有叶绿体；真菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，没有叶绿体。因此细菌与真菌的根本区别在于真菌具有成形细胞核，细菌没有成形的细胞核只有 DNA集中的区域。黄曲霉是真菌，在显微镜下会看到细胞内有成形的细胞核，而葡萄球菌内没有成形的细胞核。故ABC不符合题意，D符合题意。
故选：D。