D

$A$、用锯锯木头，克服摩擦力做功，机械能转化成内能，从而使锯条发热，这是通过做功的方式改变内能，不合题意；
$B$、用砂轮磨菜刀，克服摩擦力做功，机械能转化成内能，从而使菜刀的温度升高，这是通过做功的方式改变内能，不合题意；
$C$、两手相互摩擦，克服摩擦力做功，机械能转化成内能，从而使手发热发热，这是通过做功的方式改变内能，不合题意；
$D$、用火炉烧水，水吸收热量，温度升高，热量由火转移到水中，是能量的转移，是通过热传递来改变水的内能的，符合题意。
故选：$D$。