A

据所学知识可知，528年，查士丁尼为了稳固帝国的社会秩序，保证皇帝的专制权力，他组建了一个法典编纂委员会，组织编撰《罗马民法大全》，奠定了欧洲民法的基础，A项正确；从10世纪起，西欧开始恢复，农业技术提高，农业剩余产品增加，商业贸易发展，人口增长，旧的城市开始复苏新的城市不断产生，促进了自治城市的兴起。因此，法兰克王国实行封君封臣制度不是自治城市兴起的原因，排除B项；从0到9的计数法是印度人发明的，因此9世纪，阿拉伯人首创了从0到9的计数法，形成了“阿拉伯数字”的说法错误，排除C项；近代自然科学兴起的时间是16世纪，由于生产力的发展一近代自然科学的兴起提供了条件，因此，12世纪，早期大学在西欧兴起，不是近代自然科学兴起是原因，排除D项。
故选：A。