C

$A$、木塞飞得越高，木塞的势能越大，木塞具有的内能大小与势能无关，故$A$错误；
$B$、酒精燃烧是将酒精内部的化学能转化为内能释放出来，由于热量的散失，不可能全部转化为木塞的机械能，酒精燃烧产生的内能大于飞出后木塞的机械能，故$B$错误；
$CD$、木塞冲出时，水蒸气的内能对塞子做功，将水蒸气的内能转化为塞子的机械能，水蒸气的内能会减小，故$C$正确，$D$错误。
故选：$C$。