D

$A$、由皮球跳起的高度越来越低可知，皮球落地反弹过程中机械能逐渐减小，故$A$错误；
$B$、皮球在$B$和$E$高度相等，则皮球在$B$点的重力势能等于在$E$点的重力势能，由于$B$点的机械能大，所以皮球在$B$点的动能大于皮球在$E$点的动能，故$B$错误；
$C$、皮球在$D$点有向右运动的速度，所以动能不为$0$，故$C$错误；
$D$、皮球触地后形成的圆斑越大，说明其形变越大，此时的机械能越大，由于皮球的机械能在逐渐减小，所以皮球触地后形成的圆斑中，$C$点比$F$点大，故$D$正确。
故选：$D$。