C

甲组平均成绩为：$\left(4+6+7+9+9+10\right)\div 6=7.5$分，
乙组平均成绩为：$\left(6+6+8+8+8+9\right)\div 6=7.5$分，
$A$选项说法错误，不符合题意；
甲组成绩的方差为：$\frac{1}{6}×[(4-7.5)^{2}+(6-7.5)^{2}+(7-7.5)^{2}+2×(9-7.5)^{2}+(10-7.5)^{2}]=4.25$，
乙组成绩的方差为：$\frac{1}{6}×[2×(6-7.5)^{2}+3×(8-7.5)^{2}+(9-7.5)^{2}]=1.25$，
$\therefore$乙组更稳定，$B$选项说法错误，不符合题意；
甲组中位数为：$\left(7+9\right)\div 2=8$，
乙组中位数为：$\left(8+8\right)\div 2=8$，
$\therefore C$选项说法正确，符合题意；
甲组优秀率为：$\frac{3}{6}×100\%=50\%$，
乙组优秀率为：$\frac{1}{6}×100\%≈16.7\%$，
$\therefore$甲组优秀率更高，$D$选项说法错误，不符合题意；
故选：$C$.