D

13世纪，许多城市取得了一定的自由与特权，成为自由城市。在这样的自由城市里，市民是自由人，享有财产权，领主不得非法剥夺市民的财产，不得向市民任意征税。部分城市还有权选举市长、市政官员，设立城市法庭的权力，成为自治城市。据“宋代及以后，中国也有城市化现象，但是这些城市最终和行政都市相结合，而无法独立于政治权威”可见，中世纪城市与宋代城市相比，最大的不同是拥有了自治权。选项D符合题意。
故选：D。