D

$A$.由题意可知，水果电池为$LED$灯提供电能，所以水果电池在电路中相当于电源，故$A$不正确；
$B$.连接电路后，由于右边铜片是电池的正极，左边锌片是负极，电流从电池的正极出发，经过用电器回到电池的负极，由此可知，电流从铜片流出，锌片流回，故$B$不正确；
$CD$.水果电池工作时，消耗化学能，得到电能，因此是化学能转化为电能，故$C$不正确，$D$正确。
故选：$D$。