D

$A$、宇宙诞生于一次大爆炸，星系之间的距离在不断膨胀，故$A$错误；
$B$、电子的发现说明原子是可再分的，原子不是构成物质的最小微粒，故$B$错误；
$C$、原子核由质子和中子构成，质子带正电，中子不带电，故$C$错误；
$D$、在电子、质子和原子中，尺度和质量最小的是电子，故$D$正确。
故选：$D$。