A,D

$A$.物质是由大量分子组成的，分子可以再分，分子是由原子组成的，故$A$正确；
$B$.结合原子结构可知，质子带正电，电子带负电，中子不带电，故$B$错误；
$C$.银河系、地球、分子、电子是按照尺度由大到小排列的，故$C$错误；
$D$.汤姆生发现了电子，从而揭示了原子是可以再分的；卢瑟福根据$\alpha$粒子散射实验，提出了类似于行星绕日的原子核式结构模型，故$D$正确。
故选：$AD$。