B

A.鸦片战争后，清政府签订《南京条约》，使中国开始沦为半殖民地半封建社会，排除。
B.根据题干“1894年北洋水师与日本交战后失利，清政府签订《马关条约》。”和所学可知，《马关条约》使外国侵略势力进一步深入中国腹地，大大加深了中国的半殖民地化程度，符合题意。
C.八国联军侵华战争后，《辛丑条约》签订中国完全陷入半殖民地半封建社会的深渊，排除。
D.八国联军侵华战争后，清政府沦为帝国主义列强统治中国的工具，排除。
故选：B。