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结合所学，《辛丑条约》内容：清政府赔偿白银4.5亿两，分39年还清，本息共计9.8亿两，以海关等税收作担保；清政府严禁人民参加反帝活动；清政府拆毁大沽炮台，允许帝国主义国家派兵驻扎北京到山海关铁路沿线要地；划定北京东交民巷为使馆界，允许各国驻兵保护，不准中国人居住．改总理衙门为外务部，列六部之首。可知，“第十二款将总理各国事务衙门按照诸国酌定改为外务部，班列六部之前。”条款出自《辛丑条约》。
故选：D。