D

A.英法联军攻占了北京是在1860年，此时慈禧还不是太后，排除A项。
B.甲午战争中清朝战败是在1895年，但日本并未攻入北京，排除B项。
C.义和团发动的口号是“扶清灭洋”，并不反清，排除C项。
D.根据所学知识可知，1900年6月，为镇压义和团运动，英、美、俄、日、法、德、意、奥八国组织联军2000 多人，在英国海军司令西摩尔的率领下，从天津向北京进犯，8月14日，联军攻陷北京。慈禧太后携光绪帝狼狈西逃，在逃跑途中，慈禧下令剿杀义和团，并无耻地请求八国联军“助剿”，D项正确。
故选：D。