D

据所学知识可知，在义和团运动中，农民阶级提出“扶清灭洋”口号，表达了中国人民反对帝国主义的斗争意志，义和团运动打击了八国联军的嚣张气焰，是一场反帝爱国的农民运动。选项D符合题意。三元里抗英斗争发生在鸦片战争时期，与“扶清灭洋”无关，排除A；台湾人民抗日斗争与“扶清灭洋”无关，排除B；公车上书发生在1895年，与“扶清灭洋”无关，排除C。
故选：D。