C

$A$.当长方形的周长为$90$时，它的一边长$y$与邻边长$x$两个量不成反比例关系，
故两个量不成反比例关系，不符合题意；
$B$.工作总量$=$工作时间$\times$工作效率，工作效率一定，工作总量与工作时间成正比例，
故两个量不成反比例关系，此选项不符合题意；
$C$.存煤量一定时，平均每天的用煤量$m$与可使用的天数$t$成反比例关系，
故两个量成反比例关系，此选项符合题意；
$D$.圆的面积$S$与它的半径$r$两个量不成反比例关系，
故两个量不成反比例关系，此选项不符合题意；
故选：$C$.