B

①$x-2=\frac{2}{x}$是分式方程，故①不符合题意；
②$0.3x=1$，即$0.3x-1=0$，符合一元一次方程的定义.故②符合题意；
③$\frac{x}{2}=5x+1$，即$9x+2=0$，符合一元一次方程的定义.故③符合题意；
④$x^{2}-4x=3$的未知数的最高次数是$2$，它属于一元二次方程.故④不符合题意；
⑤$x=6$，即$x-6=0$，符合一元一次方程的定义.故⑤符合题意；
⑥$x+2y=0$中含有$2$个未知数，属于二元一次方程.故⑥不符合题意.
综上所述，一元一次方程的个数是$3$个.
故选：$B$.