D

$A$、汤姆逊发现了电子，从而揭示了原子是可以再分的。此项是正确的，不符合题意。
$B$、查德威克通过实验发现了中子，此项是正确的，不符合题意。
$C$、盖尔曼提出质子和中子都是由被称为夸克的更小粒子组成的，此项是正确的，不符合题意。
$D$、卢瑟福建立了原子的核式结构模型，而不是西瓜模型，故此项错误，符合题意。
故选：$D$。