D

$AB$、汤姆生发现了电子，从而说明了原子是可以再分的，根据$\alpha$粒子散射实验，卢瑟福建立了原子结构的核式模型，故$AB$错误；
$C$、光年是长度单位，故$C$错误；
$D$、关于宇宙的结构，哥白尼提出的“日心说”更具有科学性，故$D$正确。
故选：$D$。