C

$A$、汤姆生发现电子说明原子是可再分的，原子由原子核和核外电子组成，故$A$正确；
$B$、海绵里面有气孔，用手捏时海绵里的空气跑出来，则海绵的体积变小了，但不能说明分子间有间隙，故$B$正确；
$C$、“破镜不能重圆”说明分子间距离太大，分子间的作用力可以忽略。故$C$错误；
$D$、大到天体，小到微观粒子都在不停地运动，其中太阳是太阳系的中心，而不是宇宙的中心，故$D$正确。
故选：$C$。