D

$A$、原子由原子核和核外的电子组成，原子核又由质子和中子组成，故$A$错误；
$B$、分子是保持物质原来性质的最小微粒，化学中说分子是保持物质化学性质不变的最小微粒，分子还可以再分，只是原来性质变了，故$B$错误；
$C$、电子是极其微小的，肉眼绝对不能看到，故$C$错误；
$D$、原子核居于原子中心，周围有电子绕原子核高速运动，太阳系中太阳位于中心，其他星体绕着太阳运动，二都很相似，故$D$正确。
故选：$D$。