D

$A$.钠$\left(Na\right)$是人体中的常量元素，它在维持人体的渗透压、酸碱平衡等方面起着重要作用，故$A$错误；
$B$.碳$\left(C\right)$是构成人体有机物的基本元素，在人体中含量较高，属于常量元素，故$B$错误；
$C$.钙$\left(Ca\right)$是人体中的常量元素，如前面所说，是骨骼和牙齿的重要组成部分，故$C$错误；
$D$.锌$\left(Zn\right)$在人体中的含量低于$0.01\%$，属于微量元素，故$D$正确；
故选：$D$。